En el estuario formado por la desembocadura de los ríos Tinto y Odiel se asienta el Paraje Natural Marismas del Odiel, zona de paso obligada para miles de aves
migratorias en su ruta de Europa a África. Es el único paraje natural que tiene territorio en una capital de provincia, puesto que se asienta en los términos
municipales de
Huelva,
Punta Umbría,
Aljaraque y Gibraleón.
En sus 7.185 hectáreas, surcadas por esteros y salpicadas de salinas, se encuentra la mayor colonia de cría
de espátula de Europa –un 30% de la población del continente de esta especie se reproduce aquí-. En 2008 acoge por primera vez la única colonia de cría de flamenco
rosa de Andalucía, con una población de alrededor de 800 ejemplares. Y también ha sido elegida para nidificar por una pareja de águila pescadora, lo que ha significado
la reintroducción de esta especie en Andalucía y, con ello, es posible asegurar una población estable en la España continental, donde no se reproduce desde la década
de los ochenta. Además, existe una colonia de reproducción de charrancitos que supera las dos mil parejas.
Aparte de estos animales, se pueden encontrar garzas reales, garzas imperiales, garcetas, chorlitejos patinegros, ánades reales, cigüeñuelas, currucas cabecinegras,
aguiluchos laguneros, cigüeñas negras, moritos, grullas o camaleones.
En estos humedales crecen el taray, la sabina negra, el lentisco, el jaguarzo, la jara, la coscoja, el romero, la espartina, el junco y la espadaña. Tanto su flora
como su fauna pueden ser observadas y estudiadas más de cerca gracias a la existencia de cinco senderos.
Dentro de los límites de Marismas del Odiel se hallan la Reserva Natural Isla de Enmedio y la Reserva Natural Marismas del Burro. Además de su importancia ecológica,
es destacable la riqueza marisquera, piscícola y arqueológica, pues en la Isla Saltés está el yacimiento Salthish, restos de un recinto urbano del siglo XI.